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茂林國家風景區擁有令人羡慕的世界奇景 ─ 蝴蝶生態景象；只要散步於林間小道，就可以見到粉蝶、蛺蝶、鳳蝶、小灰蝶等各種蝴蝶翩翩飛舞；最著名的是紫斑蝶生態景觀，包含小紫斑蝶、端紫斑蝶、圓翅斑蝶與斯氏紫斑蝶等，每年冬天，12月至2月期間，估計至少有超過40萬隻紫斑蝶會乘著滑翔翼般造型的紫翅膀，從不同的生育地，循著相同的路徑成群飛往茂林地區的避風山谷中棲息過冬，在紫蝶幽谷形成十分壯觀的紫蝶越冬景觀，和太平洋彼端的墨西哥「帝王斑蝶谷」，併列為目前世界兩種大規模「越冬型蝴蝶谷」。 |
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喜歡賞鳥的人，可以在茂林國家風景區發現各種中、低海拔的鳥種，如紫嘯鶇、灰鶺鴒、白鶺鴒、黃鶺鴒、白耳畫眉以及鉛色水鶇等．．．其中鉛色水鶇為第三級保育鳥類，雄鳥尾羽為紅褐色，通常單獨或成對出現在溪流旁的岩石上，在塔羅留溪非常容易發現其蹤跡。
沿著茂林多納林道或霧台山區行走，則可以發現大冠鷲、黑鳶、台灣松雀鷹、鳳頭蒼鷹、灰面鵟鷹等猛禽在天空盤旋的身影，此處可謂上選的賞鷹天堂。 |
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茂林國家風景區内的哺乳類動物種類眾多，因為此處提供了野生動物最重要的水源以及有絕佳的地形提供掩蔽，理所當然地吸引各種動物的進駐，其中哺乳類動物的資源相當豐富，除了台灣獼猴外，以小型哺乳類來說，有齧齒目的刺鼠、赤腹松鼠、大赤鼯鼠，食肉目的鼬獾、白鼻心和食蟹蒙等，大型哺乳類動物主要有偶蹄目的台灣山豬、山羌、水鹿和長鬃山羊等生命活潑竄動。 |
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水生生物亦是茂林國家風景區不可忽略的一環，在荖濃溪、隘寮溪與濁口溪的孕育之下，造成此處水生生物資源相當豐富，生態上大多數屬於河川上游原始的魚類生態，主要魚種包括鯉科的台灣鏟頜魚（俗稱鯝魚、苦花）、台灣馬口魚，台灣石鑌與高身鯝魚，在此地都是數量眾多且常見的魚種。 |
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六龜彩蝶谷與霧台山區等地因其環境自然原始，水源清境而無汙染，因此在每年3月底到4月中旬的夜晚，大量外出尋找伴侶的螢火蟲猶如星河般地閃耀飛舞，將天空點綴得美侖美奐．．．是絕佳的賞螢地；最具代表性的螢火蟲首推黑翅螢，另有端黑螢、紅胸黑翅螢、山窗螢、雲南扁螢等，也常可發現牠們的芳蹤。 |
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